Было несколько версий относительно причин катастрофы: механическая неисправность, воздушный бой и даже самоубийство пилота. Самой распространенной была версия о том, что самолет Экзюпери сбил немецкий истребитель и он разбился в Альпах. Но в 1998 г. французский рыбак Жан-Клод Бьянко в Средиземном море недалеко от Марселя, в сети с рыбой нашел браслет, на котором было выгравировано имя писателя, его жены и адрес издателя, выпустившего «Маленького принца». Как оказалось, этот браслет действительно принадлежал Антуану де Сент-Экзюпери, что дало повод к проведению поисков в Средиземном море.

Ныряльщик и водолаз Люк Ванрель подтвердил эту версию, обнаружив в 2000 г. на 70-метровой глубине обломки самолета. После этого французское правительство запретило любые поиски в этом районе. Разрешение было получено лишь осенью 2003 г. Тогда со дна подняли фрагменты самолета, среди них был обломок кабины летчика с сохранившимся серийным номером: 2734-L. Информацию проверили в военных архивах и установили, что это был бортовой номер Lockheed Lightning P-38 – того самого самолета, которым управлял Экзюпери.

Останки самолета были рассеяны на достаточно большом пространстве – 1 км в длину и 400 м в ширину. На фрагментах не обнаружили следов от пуль и других признаков нападения, в военных архивах не было свидетельств о том, что в этот день велись обстрелы и воздушные бои. Поэтому решили, что самолет разбился в результате поломки. Также было установлено, что он вошел в воду вертикально на большой скорости, в момент столкновения с водой произошел взрыв. У пилота не было шансов выжить. Единственная вещь пилота, уцелевшая в этой катастрофе, – тот самый серебряный браслет, найденный рыбаком.

Тайна гибели Экзюпери неожиданно раскрылась в 2008 г., когда бывший пилот Люфтваффе Хорст Рипперт признался в том, что именно он 31 июля 1944 г. сбил самолет Экзюпери. На тот момент он не знал, кто находится в кабине пилота, а после очень сожалел о том, что стал причиной смерти писателя. По словам Рипперта, он решил признаться, чтобы в 88 лет облегчить душу, и чтобы Экзюпери не считали дезертиром или самоубийцей: «Это произошло недалеко от Тулона. Я совершал разведывательный полет, когда увидел истребитель с французскими опознавательными знаками. Решил вступить в бой. Совершил маневр и оказался в хвосте у неприятеля. Атака была успешной, и я сбил самолет, который упал в воды Средиземного моря.